CDISCのルールとして許されるかどうかわかりませんが、XMLの技術的には以下の方法で改行が可能です。
なお、Analysis Results Metadata v1.0 for Define-XML v2用のdefine2-0-0.xslを利用し
"Derivation/Comment"内で改行したい場合とします。
① define.xmlの改行したい部分(Derivation/Comment)に、<br/> を入れる
②define2-0-0.xslの
・Template:displayItemDefComment セクションの
<xsl:value-of select="$ItemDefComment"/>
・Template:displayItemDefMethod セクションの
<xsl:value-of select="$MethodComment"/>
それぞれの後ろに、disable-output-escaping="yes" を設定する
スタイルシートの変更を伴い、思わぬ不具合が生じる可能性もありますので、全くお薦めしません。知識自慢として、読み飛ばしください。
参考：
http://www.atmarkit.co.jp/bbs/phpBB/viewtopic.php?topic=34179&forum=9